A Diocese de Joinville integrou o Tribunal Regional de Florianópolis desde 26 de abril de 1974 sendo este, desde sua fundação, o único Tribunal Eclesiástico do Estado de Santa Catariana.

Em vista de atender melhor os fieis, desde 2013 a Diocese tem investido na formação canônica de clérigos e leigos e reunindo assim as condições para constituir o próprio tribunal diocesano. Com a publicação do Motu Proprio Mitis Iudex Dominus Iesus, em 15 de agosto de 2015, intensificaram-se os esforços para fundar o tribunal.

Em setembro de 2017 foi enviado ao Tribunal Papal da Assinatura Apostólica um pedido para fundar o Tribunal Diocesano, pois era necessário contar com a dispensa de titulação dos que ainda não haviam concluído o mestrado em Direito Canônico.

A resposta da Santa Sé autorizando a criação de um tribunal de competência geral chegou no dia 27 de fevereiro de 2018. O decreto aprovando a constituição foi assinado pelo Cardeal Prefeito Dominicus Mambreti no dia 31 de janeiro de 2018 com o Prot. n. 2171/18 SAT.

Dom Francisco Carlos Bach, bispo diocesano, constituiu o Tribunal, abençoou suas instalações e nomeou seus oficiais no dia 18 de maio de 2018, no auditório da Cúria Diocesana, em solenidade com a presença o Exmo. Dom Wilson Tadeu Jönck, SCJ, arcebispo de Florianópolis, do clero diocesano e de numerosos fieis. Foi nomeado como primeiro Vigário Judicial o padre Eduardo da Costa.