A Paróquia São Sebastião de Jaraguá do Sul foi criada por decreto de Dom João Becker, Bispo Diocesano de Florianópolis, no dia 31 de julho de 1912. Desde a fundação do município formou-se uma pequena comunidade católica, ligada a Paróquia de Joinville.

No início os padres Franciscanos davam assistência religiosa à comunidade, mais tarde assumindo os padres de Joinville. A primeira capela surgiu na Barra do Rio Cerro que funcionava como escola, pelos fins do século passado. Há registros da existência de algumas capelas antes do ano 1900, sendo: Santo Estevão, Santíssima Trindade, Nossa Senhora das Graças, Nossa Senhora do Rosário (duas com este titular: uma no Molha e outro em Nereu Ramos).
Em 1910, Pe. Ernesto Schultz, coadjutor da Paróquia de Joinville, veio para Jaraguá com a missão de preparar aqui a criação da Paróquia. Foi o primeiro padre estável. Em 1911, por indicação do pároco de Joinville, Pe. José Sundrupp,foi que o então bispo diocesano, Dom João Becker, decidiu pela criação da Paróquia.

Como não houvesse clero secular para assumir a nova paróquia, o Bispo recorreu à Congregação dos Padres do Sagrado Coração de Jesus, recentemente estabelecida no Brasil (1903), que assumiu a direção desta nova paróquia.
“A primeiro de outubro de 1911, os padres Henrique Mel ler e Pedro Franken, devidamente autorizados pelo Senhor Bispo diocesano tomara posse da administração eclesiástica do distrito de Jaraguá, que brevemente será erigida em paróquia, sob o título de Santa Emília”.(Esta anotação consta da “Resenha Eclesiástica”, órgão oficial da Diocese de Florianópolis, outubro de 1911, ano 1, n º 1, pág. 128).
Enquanto a comunidade evangélica já tinha sua paróquia, com templo, escola e pastor, os católicos não tinham ainda nem capela. Ao chegarem a Jaraguá os dois padres da Congregação se instalaram numa pensão. Celebravam a missa em casa particular. No mesmo ano alugaram duas casas vizinhas à pensão. Numa delas instalaram modesta biblioteca, duas camas e uma mesa simples com algumas cadeiras. A outra servia de cozinha, matriz e escola. Aos domingos tiravam-se os bancos escolares e realizavam-se as celebrações.
Foi com a ajuda do advogado e promotor em Joinville César Pereira de Souza, que a construção começou a se tornar possível. Ele integrou a comissão de construção da Igreja, fez contatos, inclusive com o Bispo. Sua mãe Emília Pereira de Souza foi a primeira doadora em dinheiro para a Igreja. Ela ainda providenciou a planta de construção, enviada de Paris, onde residia.
Constituída assim a comissão de construção, tendo representantes de todas as regiões da paróquia. São os seguintes: Dr. Francisco Tavares Sobrinho, Venâncio da Silva Porto, Angelo Rubini – Rio Cerro, Henrique Piazera – Rio Cerro, Franz Fischer – Alto Jaraguá, Geor Wolf – Garibaldi, Ernesto Rücker – Hansa, Luiz Silva – Estrada Itapocu, Seraphim José dos Santos – Bananal, João Doubrawa – Itapocuzinho.

Em 21 de outubro de 1910, Pe. Ernesto Schultz, encarregado do Distrito de Jaraguá, escreveu um relatório ao bispo relatando as capelas existentes. E em 31 de julho de 1912, foi criada a Paróquia de Jaraguá tendo como primeiro pároco, o Pe. Henrique Meller SCJ, auxiliado pelo Pe. Pedro Franken SCJ.
O movimento religioso cresceu rápido e em pouco tempo a paróquia tinha 12 capelas espalhadas no interior da colônia. Compunham o território da Paróquia as regiões de Corupá, Schoroeder, Guaramirim e Jaraguá. A primeira preocupação do Pe. Franken foi à construção de uma Matriz. Depois de muito sacrifício, com participação dos próprios padres como operários, surgia a Matriz de Jaraguá do Sul, inaugurada dia 3 de janeiro de 1917.
O padre Franken comandou também a construção de uma escola paroquial. Acreditava que a escola era o prolongamento da família, por sua vez o ambiente propício para se lançar as bases de uma paróquia bem constituída. A princípio as aulas eram ministradas pelos padres, que logo pelo excesso de trabalho procuraram professores. Conseguindo a vinda, em 1919, das Irmãs da Divina Providência, que assumiram a escola, onde hoje se encontra o Colégio São Luis, dos Irmãos Maristas.
Em 1940, o pároco Pe. Alberto Jacobs fez convite aos Irmãos Maristas para que assumissem o Colégio São Luís. As irmãs passaram para as novas dependências, onde hoje está o Colégio Divina Providência.
E foi no dia 16 de julho de 1926, por proposição declarada e constituída a “São Sebastião” a Paróquia de Jaraguá do Sul. A primeira Igreja Matriz foi construída no morro onde hoje se encontram os pavilhões de festas. Esta antiga Igreja em estilo gótico, foi demolida em 1957. Hoje a Matriz São Sebastião possui um majestoso templo, cuja estrutura iniciou em 1958, tendo como pároco Pe. Donato Wiemes, e foi inaugurada em 1962.